Tandis que Sg-1 assiste à l’exécution de Ba’al, le dernier des Seigneurs Goa’ulds, Teal’c et Vala disparaissent mystérieusement. Carter, Daniel et Mitchell retournent alors sur Terre pour découvrir que l’histoire a été changée : Le programme Stargate n’a jamais existé ! Tandis qu’ils tentent de convaincre les autorités de ce qui vient de se passer, une flotte de vaisseaux Goa’uld débarquent en orbite de la Terre. Cette flotte est dirigée par Ba’al et sa reine, Quetesh (Vala), avec Teal’c en tant que Prima. Sg-1 doit retrouver la Porte des Étoiles et rétablir le cours des événements avant que la Terre ne soit conquise par les Goa’ulds.

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