L'histoire débute un jour pendant l'époque féodale au Japon. Deux samouraïs Jin et Mugen, l'un cherchant la justice et l'autre les défis ; tout les deux douer pour le maniement du sabre se verront attribuer la lourde tache de supporter une gamine de 15 ans qui recherche un samouraï qui sent le tournesol. Réputés invincibles, ils vont devoir lutter contre ceux qui voudront se faire une réputation en les défiant.