Alors que Sacha, Pikachu et leurs amis se retrouvent dans un nouveau tournoi de la ligue Pokémon, l'Arbre du commencement du monde est menacé. Les voilà embarqués dans la plus folle des aventures, à la rencontre de nouveaux monstres de poche. Le courage et l'amitié seront leurs meilleures armes pour lutter contre le mal...