Teppei et Kotaro sont deux frères qui ont vécu sur l'ïle de Kamui, crée selon les dires par un fragment du soleil. Alors que l'aîné, professeur extrêmement intelligent et reconnu dans le monde entier se rend à une exposition mondiale de robotique, il est enlevé par l'Empire des Machines de combat qui a besoin de son savoir. Sur place Teppei, le cadet, va partir immédiatement au secours de son frère et sur la route de son périple réveillera X, le B't légendaire. A eux deux, ils auront fort à faire pour sauver Kotaro et protéger le monde d'une terrible menace, l'impressionnant B'T Rafaelo, dernière création de l'Empire, devenu incontrôlable...