Année 2059. Le conflit n'est toujours pas réglé; Takt Keneshiro, un étudiant basé à l'institut aérospatial, travaille sur un matériau nouveau, le Soma, quand il est appelé par la M.O.R.G.U.E. Cet organisme veut créer un alien à partir des prélèvements et débris récoltés au cours des affrontements... Nommé Frank, l'alien de synthèse est sur le point d'être mis en éveil. Mais la phase d'activation dégénère, et l'alien détruit la base entière, laissant Takt pour seul survivant. Sa petite amie morte dans l'accident, il décide de mener sa vengeance..